
Antes de la erupción de 1883, Krakatoa consistió en tres islas principales: Lang ('Mucho tiempo', ahora llamado Rakata Kecil o Panjang) y Verlaten ('Abandonado' 'o Desierto', ahora Sertung), que era los remanentes de borde de una erupción de caldera anterior muy grande; y Krakatoa en sí misma, una isla de 9 kilómetros de largo por 5 kilómetros de ancho. También había un islote cubierto por árboles cerca de Lang llamado Poolsche Hoed ('el Sombrero Polaco', al parecer porque ésta se parecía a uno en el mar: se trata de una especie de sombrero con cuatro alas original de Cracovia, Polonia), y varias pequeñas rocas o bancos entre Krakatoa y Verlaten.
Había tres conos volcánicos sobre Krakatoa: yendo de Sur a Norte estaban: Rakata (823 m), Danan (445 m), y Perboewatan (también llamado Perbuatan; 122 m). Danan puede haber sido un volcán gemelo. Krakatoa está directamente encima de la zona de subducción eurasiática y la Placa Indoaustraliana, donde las fronteras de la placa emprenden un cambio agudo de dirección, posiblemente causando una corteza excepcionalmente débil en la región.